Les lacs des Pyrénées constituent un habitat caractérisé par son extrême fragilité, sa vulnérabilité et sa grande valeur écologique. Ces lacs de haute montagne, généralement situés au-dessus de 2000 mètres d'altitude, fournissant des habitats uniques pour de nombreuses espèces végétales et animales. En raison des conditions climatiques et des conditions d’accès difficiles, leur biodiversité spécifique est encore mal connue. Ils possèdent une faune et une flore spécifiques, parfois endémique à ces lieux.
La faune lacustre pyrénéenne se compose notemment de différentes espèces de mammifères comme le Desman des Pyrénées (Galemys pyrenaicus), d'espèces de batraciens comme la grenouille rousse (Rana temporaria) ou le triton des Pyrénées (Euproctus asper), tous deux endémiques des Pyrénées et espèces protégées. Ces espèces ont vu leurs populations diminuer principalement à cause de l’introduction d’espèces de poissons, de la pollution, de l’eutrophisation des eaux et de la surexploitation des aquifères.
On peut oberver de petits mollusques comme le Pisidium hibernicum, des coléoptères aquatiques orophiles et boréo-alpines, ainsi que des amphibiens et des odonates adaptés aux conditions de haute montagne.
Parmi les poissons seule la truite commune (Trutta fario) était présente dans certains lacs avant les alevinages intensifs effectués par l'homme. Des frayères peuvent être observées sur les exutoires et tributaires de ces lacs où elles se reproduisent.
Beaucoup de lacs étaient vierges de toutes données. Soit la végétation a été mal étudiée, c’est-à-dire depuis la berge, soit elle a été peu visitée. Le conservatoire botanique national a entrepris d’explorer les fonds des lacs pyrénéens, afin d’appréhender la flore méconnue. Une soixantaine de lacs ont été sondés jusqu’ici, dont vingt récemment dans le cadre du programme transfrontalier Green. Pour François Prud’homme, scientifique du conservatoire botanique national des Pyrénées, qui a de nombreuses fois plongé en apnée, « Il s’agit d’un travail de mise en commun de connaissance de la flore aquatique de ces espaces protégés. L’enjeu, c’est de mieux connaître ces plantes très spécifiques mais sur lesquelles nous disposons d’extrêmement peu de données » .
La diversité des habitats aquatiques dans ces lacs favorise la présence de nombreuses espèces de plantes aquatiques. On trouve par exemple :
- la Subulaire aquatique, petite plante amphibie qui se développe sur les berges des lacs. Immergée la majeure partie de l’année elle ne peut fleurir qu’à la fin de l’été si le niveau des eaux baisse suffisamment pour la découvrir.
- Les potamots, enracinés au fond des lacs, ils déploient de longues tiges au travers de la colonne d’eau pour atteindre la surface où s’épanouissent des feuilles flottantes.
- Le Chara vulgaris, une algue indicatrice d’une bonne qualité de l’eau.
A noter que la marche progressive des delta et l'envahissement de la végétation sont les signes de la viellesse d'un lac
Les lacs jouent un rôle clé dans le cycle de l'eau et la régulation des écosystèmes environnants. Ils contribuent à la recharge des nappes phréatiques et à la régulation des débits des rivières en aval. De plus, ces lacs sont souvent entourés de zones humides qui servent de refuges pour de nombreuses espèces animales.
Très fragiles les lacs d'altitude jouent un rôle vital dans la biodiversité et l'écologie des régions montagneuses, ils sont menacés par divers facteurs (changement climatique, hydroélectricité, pastoralisme, pollution atmosphérique, tourisme non régulé, introduction de poissons…).
On peut trouver des plantes exotiques envahissantes, comme l’élodée du Canada, ainsi que des vairons et des goujons en nombre. Cette flore et faune qui ne serait pas présente dans les lacs sans la main de l’homme peut perturber ces équilibres inscrits sur des cycles très longs.
Leur protection est cruciale pour maintenir la richesse biologique et les services écosystémiques qu'ils fournissent. Des initiatives de protection et de gestion durable sont mises en place pour assurer la préservation de ces écosystèmes.
